Falar dos judeus na Bósnia não é fácil, pois esta é uma das regiões mais conflituosas do planeta, marcada pela passagem de Impérios, Grandes Guerras e ditadores. Até a época da expulsão e inquisição espanhola, em 1492, não havia judeus na região onde atualmente se encontra a Bósnia-Herzegovina. Mas logo após sua chegada pode-se dizer que viviam relativamente em paz, participando da via cotidiana local, apesar de serem considerados cidadãos de 2ª categoria. Como os Muçulmanos dominavam a região, os judeus tinham de pagar altos impostos e eram proibidos de andar a cavalo na cidade e de portar armas.

A partir do século XVI, o anti-semitismo começou a crescer e os judeus viram-se obrigados a ir para Sarajevo. Essa indisposição continuou se estendendo, até que, em 1833, começaram a ocorrer execuções. Essa situação só mudou com a aprovação de um novo código de direitos civis. A partir daí, os judeus voltaram a participar das atividades urbanas e até foram eleitos para cargos importantes.

Em 1878, o Império Austro-Húngaro tomou a área da Bósnia, o que fez com que aumentasse o numero de ashkenazim na região, pois antes, na maioria, só havia judeus sefaradim.

A partir de 1941, havia 14.000 judeus na Bósnia. Após a 2ª Guerra Mundial, restaram apenas 4.000. Isto se deu não só pelas execuções nazistas, mas como também pelos búlgaros muçulmanos que permitiram e apoiaram o extermínio dos judeus. O Mufti de Jerusalém, Haj Amin-al Husseini, ajudou a recrutar pessoas para a unidade muçulmana bósnia da SS. O partido nacionalista croata Ustashe também teve sua parte no extermínio dos judeus, ciganos e sérvios.

Depois do Holocausto, muitos judeus bósnios que haviam fugido voltaram para casa. Uma comunidade foi formada em 1945, que incluía tanto judeus Ashkenazim como Sefaradim.

Durante a Era Comunista, muitos judeus bósnios juntaram-se ao movimento Socialista. A Federação Judaica da Bósnia foi transformada numa organização socialista, não mais focada em questões religiosas, apenas políticas.

Quando ocorreu a Guerra Civil, em 1991, judeus bósnios perderam tudo que tinham. O JDC (American Jewish Joint Distribution Committee) deu comida e suprimentos à comunidade judaica, mas sua principal medida foi retirar 2.000 judeus da Bósnia de avião. Dessa maneira, muitos judeus foram salvos dessa cruel guerra. A maioria desses judeus foi levada a Israel e acabaram ficando por lá, mesmo após a separação da Bósnia-Herzegovina da Iugoslávia.

Atualmente, cerca de 500 judeus vivem na Bósnia, espalhados entre várias cidades como Sarajevo, Banja Luka, Mostar, Tuzla e Zenica.

A comunidade judaica, apesar de pequena em cada cidade, tem relações pacificas com o resto da população, reconstruindo-se dia-a-dia. A UNIS (Community Center) fornece atividades para jovens e idosos e o grupo judaico de direitos humanos dá apoio financeiro tanto a judeus como a não-judeus na área.